MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 96
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
entscheidenden Einfluß auf die Spezifität und Reihenfolge der verknüpften Peptide
(Stein
et al., 1996).
1 2 3
5 7 8 9 10 11 126 13 14
4
Abb. 3.20: Cluster einer Nicht-ribosomalen Peptid-Synthetase auf Chr.2. Die Nummerie-
rung der CDSs bezieht sich auf Tab. 3.16.
Tab. 3.16: Zusammenhängender Gen-Cluster für eine Nicht-ribosomale Peptid-
Synthetase auf Chr.2. Ähnlichkeiten nach BLAST-Vergleich gegen NCBI.
Nr. CDS
Länge
[AA]
Pathway [P], Annotation [A],
Domänen [D]
Ähnlichkeit
[NCBI-BLAST]
1 H16_B1692
474 A: putative aminotransferase (EC 2.6.1.-)
Pseudomonas
aeruginosa
gi|11351184
2 H16_B1691
277 D: COG2091, Sfp, phosphopantetheinyl transferase
Gloeobacter violaceus
gi|35212517
3 H16_B1690
272
D: COG3208, GrsT, predicted thioesterase involved in
non-ribosomal peptide biosynthesis.
Azotobacter vinelandii
gi|23106240
4 H16_B1689
68
D: pfam03621, MbtH, found in the MbtH protein, as well
as in antibiotic synthesis protein NIKP1.
Pseudomonas syringae
tr|Q884F6
5 H16_B1688
353
D: Fragment von COG2175, TauD, probable taurine
catabolism dioxygenase.
Pseudomonas putida
gi|24985933
6 H16_B1687
3094
D: COG1020, EntF, non-ribosomal peptide synthetase
modules and related proteins.
Erwinia carotovora
tr|Q6D738
7 H16_B1686
1031
D: COG1020, EntF, non-ribosomal peptide synthetase
modules and related proteins.
Pseudomonas
fluorescens
gi|48731888
8 H16_B1685
2008
D: COG1020, EntF, non-ribosomal peptide synthetase
modules and related proteins.
Pseudomonas putida
gi|82736876
9 H16_B1683
1075
D: COG1020, EntF, non-ribosomal peptide synthetase
modules and related proteins.
Nostoc sp.
gi|6563399
10 H16_B1682
560
D: COG4615, PvdE, ABC-type siderophore export
system, fused ATPase and permease components
Salmonella enterica
gi|29141115
11 H16_B1681
366
D: COG1670, RimL, acetyltransferases, including N-
acetylases of ribosomal proteins
Rhizobium
leguminosarum
gi|15072886
12 H16_B1680
466
P: siderophore biosynthesis
A: L-ornithine 5-monooxygenase (EC 1.13.12.-)
Pseudomonas
fluorescens
gi|23062336
13 H16_B1679
760
D: COG4773, FhuE, outer membrane receptor for ferric
coprogen and ferric-rhodotorulic acid
Pseudomonas
aeruginosa
gi|15599417
14 H16_B1677
543
D: pfam03929, DUF337, uncharacterized iron-regulated
membrane protein
Bordetella
bronchiseptica
gi|33602579
85
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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