MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 90
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Auch für
R. eutropha wurde die Fähigkeit nachgewiesen, Formamid als Stick-
stoffquelle über die Aktivität einer Formamidase zu nutzen (Friedrich & Mitrenga,
1981). Eine potentielle Formamidase (H16_B0072) ist in einem Cluster auf Chr.2 ko-
diert und weist eine Identität auf Proteinebene von 53 % zu der in
A. nidulans charakte-
risierten FmdS (gi|12620135; Fraser
et al., 2001) und 71 % zu einem in Methylophi-
lus methylotrophus
charakterisierten Enzym (gi|3913682; Wyborn et al., 1994) auf. Zu
diesem Cluster gehören außerdem mehrere ABC-Transportsysteme (H16_B0073-0077)
sowie ein Zwei-Komponenten-Regulationssystem aus Sensor-Histidin-Kinase
(H16_B0078) und
Response Regulator (H16_B0079).
3.I.4.2.2.3 Ethanolamin-Ammonium-Lyase
Salmonella typhimurium wächst auf Ethanolamin als einziger Stickstoff- und Kohlen-
stoffquelle (Chang & Chang, 1975). Das Substrat wird durch die Ethanolamin-
Ammonium-Lyase, ein Vitamin B12-abhängiges Enzym, zu Ammonium und Acetalde-
hyd umgesetzt und durch die Acetaldehyd-Dehydrogenase (EC 1.2.1.10) weiter zu Ace-
tyl-Coenzym A a/jointfilesconvert/333809/bgebaut (Jones & Turner, 1984). Der Adenosyl-Cobalamin-Cofaktor
(Vitamin B12), wird in
R. eutropha wahrscheinlich aus Zwischenprodukten syntheti-
siert, die aus dem Medium aufgenommen werden. Die dafür notwendigen Gene sind auf
Chr.1 lokalisiert.
Eine potentielle Ethanolamin-Ammonium-Lyase aus
R. eutropha ist auf Chr.2 in
einem Cluster aus drei Genen kodiert. Dieser Cluster setzt sich aus Genen für die große
und kleine Untereinheit des Enzyms (H16_B0096-0097) und für ein Membranprotein
zusammen (H16_B0095), bei dem es sich möglicherweise um eine Permease handelt.
Große und kleine Untereinheit der Ethanolamin-Ammonium-Lyase zeigen 51 % und
36 % Sequenzidentität auf Proteinebene mit den in
S. typhimurium LT2 charakterisier-
ten Proteinen (sp|P19265, sp|P19264; Faust
et al., 1990) und noch stärkere Überein-
stimmung zu den Untereinheiten aus
Pseudomonas syringae DC3000 (tr|Q889M2,
sp|Q889M3) und
R. solanacearum (tr|Q8XUQ9, tr|Q8XUR0).
79
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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