MTD 243-670 Uživatelský manuál stáhnout pdf (Strana 5)

INHALTSVERZEICHNIS

3.I.1.3 Editierung des Rohdatensatzes................................................................ 39

3.I.1.3.1 Editierung der Consensus-Sequenz .................................................. 39

3.I.1.3.2 Primerwalking über Sequenzlücken................................................. 41

3.I.1.3.3 Verknüpfung von Contig-Enden im Gesamtdatensatz..................... 42

3.I.1.3.4 Auflösung von Fehlassemblierungen ............................................... 42

3.I.1.4 Strukturierung des Gesamtdatensatzes.................................................... 44

3.I.1.4.1 Herstellung einer selektiven Genbank für Chromosom 2 ................ 45

3.I.1.4.2 Ordnung der Contigs relativ zum Genom ........................................ 46

3.I.1.4.2.1 Bildung von Supercontigs über Cosmid-Brücken..................... 46

3.I.1.4.2.2 Vergleich konservierter Genabfolgen........................................ 46

3.I.1.5 Lückenschluß........................................................................................... 47

3.I.1.6 Sekundärstrukturen.................................................................................. 47

3.I.1.7 Feinkorrektur des Gesamtdatensatzes ..................................................... 48

3.I.2 Sequenzanalyse............................................................................................... 49

3.I.2.1 G+C-Gehalt ............................................................................................. 52

3.I.2.2 Replikationsursprünge............................................................................. 52

3.I.2.3 RNA-Gene............................................................................................... 55

3.I.2.4 Vorhersage kodierender Sequenzen ........................................................ 56

3.I.2.5 Annotation ............................................................................................... 57

3.I.3 Mosaikstruktur des R. eutropha-Genoms....................................................... 58

3.I.3.1 Vergleich von R. eutropha und R. solanacearum ................................... 58

3.I.3.2 Vorhersage genomischer Inseln .............................................................. 61

3.I.4 Charakterisierung von Chromosom 2............................................................. 63

3.I.4.1 Fakultativ chemolitho- und organoautotrophes Wachstum..................... 63

3.I.4.2 Erweiterung des Substratspektrums ........................................................ 65

3.I.4.2.1 Alternative Kohlenstoffquellen ........................................................ 65

3.I.4.2.1.1 Abbau von Kohlenhydraten....................................................... 65

3.I.4.2.1.2 Abbau von aus Zuckern a/jointfilesconvert/333809/bgeleiteten Säuren ............................ 70

3.I.4.2.1.3 Abbau aromatischer Kohlenwasserstoffe.................................. 71

3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau .......................................................................... 77

3.I.4.2.2 Erschließung alternativer Stickstoff-Quellen ................................... 78

3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase ...................................................................... 78

3.I.4.2.2.2 Formamidase ............................................................................. 78

3.I.4.2.2.3 Ethanolamin-Ammonium-Lyase ............................................... 79

III

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