MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 93
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Das
kdpABC-Operon kodiert für einen Enzymkomplex aus der Familie der P-Typ-
ATPasen, deren Mitglieder für den Membrantransport vieler Ionen verantwortlich sind
(Okamura
et al., 2003). kdpF kodiert für ein kurzes Peptid, das wahrscheinlich eine sta-
bilisierende Funktion auf den Enzymkomplex ausübt (Gassel
et al., 1999).
In
R. eutropha konnte ein kdpABCDE-Cluster auf Chr.2 identifiziert werden
(H16_B0898-0894), das einen hohen Grad an Konservierung in Sequenz und Organisa-
tion innerhalb der Bakterien aufweist. Stromaufwärts von
kdpA ist in R. eutropha ein
Gen lokalisiert, das zwar keine Sequenzähnlichkeit zu
kdpF aus E. coli aufweist, aber
ebenfalls für ein potentielles kurzes und hydrophobes Peptid kodiert. Ähnliche CDSs,
die keine Übereinstimmung auf der Ebene der Proteinsequenz besitzen, aber für kurze
hypothetische Peptide von 30 bis 90 Aminosäuren Länge kodieren, weisen auch andere
kdp-Operons auf.
3.I.4.5 Begeißelung
Aufgrund von Unterschieden im Begeißelungstyp wurde ein Teil der Ralstonia-Spezies,
zu dem auch
R. eutropha und R. metallidurans gehören, in dem neuen Genus Wautersia
zusammengefaßt (Vaneechoutte
et al., 2004). Während R. solanacearum in unterschied-
lichen Quellen als unbeweglich (Coenye
et al., 1999; De Baere et al., 2001) oder mit ein
bis vier Flagellen polar begeißelt beschrieben wurde (Krieg & Holt, 1984; Tans-Kersten
et al.
, 2001), besitzt R. eutropha eine peritriche Begeißelung (Davis et al., 1969;
Vaneechoutte
et al., 2004). Innerhalb der Spezies Aeromonas hydrophila wurden unter-
schiedliche Stämme charakterisiert, die sich ähnlich wie
R. eutropha und
R. solanacearum durch unterschiedliche Begeißelungstypen (polar und lateral) unter-
scheiden. In Mutationsversuchen konnte gezeigt werden, daß die Deletion eines Gens
(
flgN) die Bildung lateraler Flagellen reduziert, aber keinen Einfluß auf die allgemeine
Fähigkeit zur Fortbewegung durch polare Geißeln besitzt (Altarriba
et al., 2003).
82
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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