MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 103
- Strana / 186
- Tabulka s obsahem
- KNIHY
Hodnocené. / 5. Na základě hodnocení zákazníků
ERGEBNISSE KAPITEL 3
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1000
0 5.000 10.000 15.000 20.000
Anzahl der Sequenzläufe
Sequenzlücken
Abb. 3.23: Verlauf der Rohsequenzierungsphase und Vorhersage nach Lander & Water-
man (1988). Schwarz Linie, Vorhersage der Sequenzlücken in Abhängigkeit von der Anzahl der
Sequenzläufe nach Lander-Waterman; rote Punkte, tatsächliche Anzahl der Sequenzlücken; ro-
te Linie, Interpolation.
3.II.1.3 Editierung des Rohdatensatzes
Während der ersten Editierung, die von Dr. A. Henne (Göttingen Genomics Laboratory)
durchgeführt wurde, konnte von der hohen Abdeckung (8.34) des Genoms durch Se-
quenzläufe von sehr guter Qualität und hoher Durchschnittslänge (737 bp) profitiert
werden. Vor Beginn der Editierung wurden mit der
Gap4-Funktion Find Internal Joins
alle Contig-Enden miteinander a/jointfilesconvert/333809/bgeglichen und bereits einige Sequenzlücken geschlos-
sen. Während der Editierung wurden problematische Bereiche durch Wiederholung ein-
zelner Sequenzläufe und durch Primerwalkings auf Plasmid-Inserts a/jointfilesconvert/333809/bgesichert. An den
Enden der Contigs wurden hierzu spezifische Primer a/jointfilesconvert/333809/bgeleitet, um durch Walkings auf
Plasmidbrücken verbliebene Sequenzlücken zu schließen (siehe 2.11.1).
Parallel dazu wurden auffällige Fehlassemblierungen aufgelöst bzw. zur späteren
Bearbeitung markiert (rRNA-Operons; siehe 3.II.1.5). Auf diese Weise konnte die Zu-
92
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
Související produkty a manuály pro ne MTD 243-670
ne MTD 242687 Specifikace
(88 stránky)
(88 stránky)
ne MTD 24677A Uživatelský manuál
(48 stránky)
(48 stránky)
ne MTD 114-252A Uživatelský manuál
(100 stránky)
(100 stránky)
ne MTD 242-685A Uživatelský manuál
(6 stránky)
ne MTD 244-670A Uživatelský manuál
(409 stránky)
(409 stránky)
ne MTD 243-670 Uživatelský manuál
(101 stránky)
(101 stránky)
ne MTD 243-670 Uživatelský manuál
(144 stránky)
(144 stránky)
ne MTD MTD-ERV 350 Specifikace
(56 stránky)
(56 stránky)
© 2020, manymanuals.cz. Všechna práva vyhrazena. | 0.115 s |
Manymanuals.com
Manymanuals.de
Manymanuals.fr
Manymanuals.it
Manymanuals.pl
Manymanuals.cz
Manymanuals.es
Manymanuals-pt.com
Komentáře k této Příručce