MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 68
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
gleichzeitig wird die Vorhersage der START-Codons und damit die Längenbe-
stimmung aller kodierenden Sequenzen erschwert.
2. Als Folge regelmäßiger intrachromosomaler Rekombinationsereignisse (siehe
3.I.3.1) und der Integration mobiler genetischer Elemente durch lateralen Gen-
transfer (siehe 3.I.3.2) weist das Genom von
R. eutropha eine Mosaikstruktur
auf. Diese Plastizität der
R. eutropha-Genoms kann für Schwankungen des
G+C-Gehaltes (siehe 3.I.2.1), der
Codon Usage und anderer Eigenschaften der
Sequenz verantwortlich gemacht werden. Dadurch wird die Definierung statisti-
scher Parameter erschwert, mit deren Hilfe automatische CDS-Vorhersagen er-
stellt werden.
Nach Abschluß der ersten Editierungsrunde wurde eine CDS-Vorhersage durchgeführt
(siehe 2.13.1) und parallel zur fortlaufenden Bearbeitung der Gesamtdatensatzes manu-
ell korrigiert (siehe 2.13.4) und annotiert (siehe 2.13.3). In regelmäßigen Abständen
wurde diese CDS-Vorhersage aktualisiert und an Veränderungen der zugrundeliegenden
Sequenzdaten angepaßt. Die standardmäßige CDS-Vorhersage mit
YACOP wurde für
R. eutropha um eine weitere Vorhersage mit FrameD ergänzt (Schiex et al., 2003).
Dieses Programm wurde im Zusammenhang mit dem
R. solanacearum-Genomprojekt
entwickelt und lieferte dementsprechend gute Ergebnisse für das
R. eutropha-Genom.
Die manuelle Kontrolle der Vorhersagen wurde anhand von
Genbank-Files mit dem
Programm
Artemis (Rutherford et al., 2000) durchgeführt. Während der manuellen
Kontrolle der CDS-Vorhersagen mit
Artemis (siehe 2.13.4) wurden die Ergebnisse von
YACOP und FrameD verglichen und gegeneinander a/jointfilesconvert/333809/bgewogen. Im Zuge der letzten
Vorhersage, die auf den aktuellen Sequenzdaten beruht (März 2005) und die Grundlage
der bestehenden Annotation bildet, wurden insgesamt 6956 CDSs identifiziert, von de-
nen 2654 (ca. 38 %) auf Chr.2 liegen.
3.I.2.5 Annotation
Parallel zur letzten Editierungsrunde von Chr.1, nach weitgehend a/jointfilesconvert/333809/bgeschlossener Fein-
korrektur der Sequenz von Chr.2, wurde von den am Genomprojekt beteiligten Arbeits-
gruppen eine erste sorgfältige Annotation des gesamten Genoms in
ERGO durchge-
57
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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