MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 60
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
3.I.2 Sequenzanalyse
Das Genom von Ralstonia eutropha H16 besitzt nach jetzigem Stand eine Gesamtgröße
von 7 417 135 bp, die sich auf Chr.1 mit 4 052 527 bp (Abb. 3.8), Chr.2 mit
2 912 452 bp (Abb. 3.9) und das Megaplasmid pHG1 mit 452 156 bp verteilt. In
Tab. 3.1 sind einige allgemeine Eigenschaften des Genoms von
R. eutropha H16 im
Vergleich zu
R. solanacearum GMI1000, dem nächsten sequenzierten Verwandten
(Salanoubat
et al., 2002), dargestellt. Alle Angaben, die im folgenden über das Genom
von
R. solanacearum gemacht werden, beziehen sich auf den Stamm R. solanacearum
GMI1000 und sind der Veröffentlichung von Salanoubat
et al. (2002) entnommen.
Das Genom von
R. solanacearum setzt sich aus einem Chromosom (3.716 Mbp)
und einem zweiten, als Megaplasmid bezeichneten Replikon (2.095 Mbp), zusammen.
Ein pHG1 entsprechendes Megaplasmid fehlt in
R. solanacearum.
Tab. 3.1: Vergleich ausgewählter Eigenschaften der Genome von R. eutropha H16 und
R. solanacearum GMI1000 (Salanoubat et al., 2002).
R. eutropha H16 R. solanacearum GMI1000
Eigenschaft gesamt Chr.1 Chr.2 pHG1 gesamt Chr. Mpl.
Länge [Mbp] 7,417 4,053 2,912 0,452 5,811 3,716 2,095
G+C-Gehalt [%] 66,3 66,5 66,3 62,3 67,0 67,0 66,9
kodierende Sequenz 82,9 87,8 88,8 80,5 87,3 87,8 86,5
tRNAs 59 51 7 1 58 55 3
rRNA-Operons 5 3 2 - 4 3 1
CDSs 6956 3882 2654 420 5129 3448 1681
49
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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