MTD 243-670 Uživatelský manuál Strana 111
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Tab. 3.19: Potentiell hochexprimierte Gene im Genom von Msp. stadtmanae nach SIGI-
Vorhersage. Positionsangaben ausgehend vom Replikationsursprung im Uhrzeigersinn.
CDS Position
[kbp]
Annotation
Msp_0114 129 thermosome, subunit beta (thsB)
Msp_0122 138 archaeal histone
Msp_0182 226 methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase 4 (mtaA4)
Msp_0184 228 methanol:cobalamin methyltransferase 3 (mtaB3)
Msp_0185 229 methanol corrinoid protein 3 (mtaC3)
Msp_0186 231 methanol:cobalamin methyltransferase 2 (mtaB2)
Msp_0187 232 methanol corrinoid protein 2 (mtaC2)
Msp_0189 235 methanol corrinoid protein 1 (mtaC1)
Msp_0198 245 DNA/RNA-binding protein AlbA (albA)
Msp_0251 310 putative thiamine biosynthesis protein 2 (thiC2)
Msp_0314 372 F420-non reducing hydrogenase, subunit delta (mvhD1)
Msp_0315 373 F420-non reducing hydrogenase, subunit gamma (mvhG)
Msp_0316 374 F420-non reducing hydrogenase, subunit alpha (mvhA)
Msp_0318 378 methyl-coenzyme M reductase II, subunit B (mrtB)
Msp_0320 379 methyl-coenzyme M reductase II, subunit G (mrtG)
Msp_0321 380 methyl-coenzyme M reductase II, subunit A (mrtA)
Msp_0330 391 hypothetical protein
Msp_0409 471 hypothetical conserved protein
Msp_0633 742 50S ribosomal protein L7Ae (rpl7Ae)
Msp_0675 786 conserved hypothetical protein
Msp_0818 950 methanol corrinoid protein 4 (mtaC4)
Msp_0819 951 methanol:cobalamin methyltransferase 4 (mtaB4)
Msp_0886 1014 50S ribosomal protein L15P (rpl15p)
Msp_1013 1160 heterodisulfide reductase, subunit B1 (hdrB1)
Msp_1014 1160 heterodisulfide reductase, subunit C1(hdrC1)
Msp_1139 1311 A1A0 ATPase, subunit K (ahaK)
Msp_1141 1314 A1A0 ATPase, subunit H (ahaH)
Msp_1174 1344 50S ribosomal protein L37e (rpl37e)
Msp_1243 1412 50S ribosomal protein L15e (rpl15e)
Msp_1253 1420 50S ribosomal protein L37Ae (rpl37Ae)
Msp_1263 1430 50S ribosomal protein L12P (rpl12p)
Msp_1352 1523 translation initiation factor 5A (aIF-5A)
Msp_1366 1536 translation elongation factor 1-alpha (EF-Tu) (tuf)
Msp_1368 1540 30S ribosomal protein S7P (rps7p)
Msp_1369 1540 30S ribosomal protein S12P (rps12p)
Msp_1416 1591 glutamate dehydrogenase (gdhA)
Msp_1419 1594 hypothetical protein
Msp_1450 1619 energy-converting hydrogenase B, subunit H (ehbH)
Msp_1476 1654 heterodisulfide reductase, subunit A1 (hdrA1)
Auffallenderweise werden Gene für vier Proteinkomplexe aus insgesamt 17 CDSs
als hochexprimiert charakterisiert, die möglicherweise für den gesamten Enzymapparat
der Umsetzung von Methanol zu Methan in
Msp. stadtmanae kodieren (siehe 3.II.3).
Zwei weitere potentiell hochexprimierte Gene kodieren für die K-Untereinheit
(
ahaK; Msp_1139) und H-Untereinheit (ahaH; Msp_1141) einer ATPase des A
1
A
0
-
Typs zur H
+
-Translokation. Diese Gene sind Teil eines in methanogenen Archaeen
konservierten Clusters, der für insgesamt neun Untereinheiten der A
1
A
0
-ATPase kodiert
100
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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